Skip to main content

Cinq grandes questions sur le variant Omicron

Le variant Omicron, détecté pour la première fois en novembre 2021, se répand rapidement à l’échelle mondiale. Voici les réponses aux cinq grandes questions le concernant.

1. En quoi le variant Omicron est-il différent des autres variants de la COVID-19, et d’où provient-il?

Parmi les variants du SRAS-CoV-2 recensés à ce jour, le variant Omicron est celui qui compte le plus de mutations – au-dessus de 50, dont 30 dans le gène responsable de la production des spicules. On a donc beaucoup spéculé à propos de l’incidence de ces mutations sur l’infectivité et l’immunité, ce qui a conduit l’Organisation mondiale de la Santé (OMS) à classer Omicron comme un variant préoccupant avant même qu’il ne réponde à sa propre définition de cette catégorie.

Les premiers cas confirmés d’infection au variant Omicron ont été détectés au début de novembre 2021 en Afrique du Sud et au Botswana. On ne sait toutefois pas exactement d’où il vient ni comment il a évolué. Contrairement à ce qu’on a vu chez les variants précédents, qui ont accumulé quelques mutations à partir d’une souche en circulation avant de former une branche à part entière dans l’arbre généalogique du SRAS-CoV-2, la souche la plus proche d’Omicron est une version du virus qui circulait au début de 2020.

Il est difficile d’expliquer la chronologie de la branche évolutive d’Omicron ainsi que le nombre stupéfiant de mutations. L’une des principales hypothèses suppose qu’un hôte unique – une personne immunodéprimée, par exemple – aurait été infecté de manière prolongée en accumulant de nombreuses mutations avant que le virus se propage. Selon une autre possibilité, Omicron serait apparu dans une population animale pour ensuite se transmettre aux humains, mais cette origine aurait très probablement laissé des traces génétiques qui sont absentes chez le variant. Donc, pour l’instant, la provenance d’Omicron demeure incertaine.

2. À quel point le variant Omicron est-il contagieux?

Chaque fois qu’émerge un nouveau variant d’un virus dans une population, on peut s’attendre à ce qu’il soit plus transmissible. Le suivi épidémiologique d’Omicron a montré qu’il s’est propagé plus rapidement que tout autre variant jusqu’à présent, ce qui vient conforter cette hypothèse. À la fin de 2021, Omicron avait été détecté dans plus de 100 pays. À la mi-décembre, il représentait plus de 40 % des infections au Canada; il y est actuellement le variant dominant en Ontario, en Colombie-Britannique et au Québec, comme il l’est aussi dans plusieurs pays dont le Royaume-Uni et les États-Unis.

La contagiosité dépend de plusieurs facteurs, notamment la capacité du virus à infecter les cellules, à s’y répliquer et à se répandre à partir des personnes infectées. Des chercheurs chinois ont découvert que, par rapport au variant Delta, Omicron se répliquait 70 fois plus vite dans une culture de tissus bronchiques, mais 10 fois moins vite dans une culture de tissus pulmonaires. Ces résultats ont été confirmés par des études de pathogenèse sur des souris, et plusieurs autres recherches sont venues appuyer ces données depuis. Bien qu’elles soient effectuées en laboratoire (et non menées sur des humains), ces expériences montrent possiblement que la croissance virale accrue dans les voies respiratoires supérieures est un facteur expliquant la plus grande transmissibilité d’Omicron. Fait intriguant, ces données révèlent également qu’Omicron serait moins susceptible de provoquer une pneumonie dans les voies respiratoires inférieures – un élément qui peut être à considérer dans la réponse à la question 3 ci-dessous.

3. La forme de COVID-19 causée par le variant Omicron est-elle plus bénigne?

C’est ce qu’on a conclu avant même l’apparition des premières données concernant le tableau clinique des patients infectés par le variant Omicron. Même si l’Afrique du Sud enregistrait une augmentation des cas durant le mois de novembre 2021, les hospitalisations et les décès restaient peu élevés, ce qui suggérait une forme plus légère de la COVID-19. Cependant, on ne doit pas répondre à cette question uniquement en s’appuyant sur l’épidémiologie – c’est-à-dire en suivant le nombre de cas et la proportion d’infections au variant Omicron dans une région –, mais aussi en faisant une évaluation clinique individuelle, dans laquelle d’autres facteurs tels que la vaccination et les infections antérieures peuvent être pris en compte.

Si Omicron parvient à contourner un certain niveau d’immunité (voir la question 4), on peut s’attendre à ce qu’il provoque davantage de réinfections et d’infections postvaccinales, ce qui entraînerait alors une diminution du nombre d’hospitalisations et de décès. Même si, avec ce virus, nous n’atteindrons pas une immunité collective suffisante pour éliminer la transmission, il s’agit là du premier signe que nous arrivons au point de bascule espéré. Lorsque la majeure partie de la population aura développé une certaine immunité contre le nouveau coronavirus, celui-ci ne sera plus « nouveau » du point de vue immunologique et sera donc moins susceptible de provoquer des maladies potentiellement mortelles.

Il s’agit d’une distinction importante; en effet, une infection au variant Omicron, par rapport aux variants précédents, peut être tout aussi grave pour les personnes âgées, les patients immunodéprimés ainsi que les personnes sans immunité préalable (obtenue par la vaccination ou à la suite d’une infection), ce qui comprend un grand nombre d’enfants dans le monde. C’est pourquoi il est important de protéger les plus vulnérables en poursuivant les efforts de réduction des risques et de la transmission.

4. Le variant Omicron peut-il contourner l’immunité que procure la vaccination ou une infection?

Il existe maintenant de nombreuses études où l’on a évalué la capacité des anticorps produits par la vaccination et l’infection aux variants précédents du virus à neutraliser Omicron. Dans l’ensemble, il semble qu’Omicron soit partiellement résistant aux sérums sanguins des personnes vaccinées et ayant guéri de la COVID-19, ce qui suggère une réduction de la protection ainsi obtenue. Les taux de réinfection et d’infection postvaccinale dans les zones où Omicron est maintenant dominant semblent confirmer ces données in vitro, et les premières données cliniques indiquent une diminution de l’efficacité du vaccin. Il faut cependant noter que les vaccins paraissent conserver leur fonction la plus importante, à savoir la protection contre les formes graves de la COVID-19 et la prévention des décès.

5. Le variant Omicron peut-il résister aux traitements comme les antiviraux et les anticorps monoclonaux?

Les antiviraux sont des médicaments qui inhibent la croissance des virus, la plupart du temps en bloquant les protéines nécessaires à la réplication, telles que la polymérase. Actuellement, trois classes de médicaments antiviraux sont autorisées pour les patients atteints de la COVID-19 : le remdésivir, le molnupiravir et le nirmatrelvir/ritonavir (remdésivir au Canada). Les premières données in vitro indiquent que tous ces médicaments conservent une activité antivirale contre le variant Omicron.

Quant aux anticorps monoclonaux, ils ciblent la protéine de spicule du virus, empêchant celui-ci d’infecter les cellules. Quatre classes sont présentement autorisées pour les patients atteints de COVID-19 : le bamlanivimab/etesevimab, le casirivimab/imdevimab, le sotrovimab et le regdanvimab (autorisé en Europe).

Comme ces anticorps sont monoclonaux (mono = un), chacun ne cible qu’une seule région de la protéine de spicule. Des mutations uniques qui n’affectent pas la capacité du virus à pénétrer dans les cellules peuvent modifier les propriétés antivirales des anticorps monoclonaux. Par exemple, les variants Bêta et Gamma présentaient une mutation qui bloquait l’action du bamlanivimab/etesevimab, tandis que les autres traitements de même catégorie conservaient leur efficacité. Les premières données suggèrent qu’Omicron pourrait échapper à plusieurs anticorps monoclonaux. 

Bien que cette évolution virale au fil de la pandémie n’ait rien de surprenant, il demeure impossible de prédire les mutations qui vont s’imposer, et encore moins les conséquences cliniques et épidémiologiques de celles-ci. Le variant Omicron est une branche qui a surgi de façon inattendue au bas du tronc de l’arbre évolutif du SRAS-CoV-2. Cette branche pourrait continuer de se développer et produire des générations de variants dominants, ou encore simplement cesser de croître. Seuls le temps et une surveillance génétique constante nous le diront.

Pour en savoir plus, consultez la page thématique COVID-19 (Novel Coronavirus) dans DynaMed. 

L’article original a été publié en anglais sur la plateforme EBSCO Health Notes. Rédigé par :

  • Vito Iacoviello, M.D., rédacteur en chef adjoint de la section infectiologie, allergologie et immunologie chez DynaMed;
  • Heather D. Marshall, Ph. D., responsable du contenu en matière de santé publique chez DynaMed.

Les membres de l’AMC ont accès à DynaMed, un outil clinique de référence d’une valeur annuelle de 399 $ US compris dans leurs frais d’adhésion.

Vous avez une question sur la COVID-19 ou sur un autre sujet clinique? Communiquez avec l’équipe Interrogez nos bibliothécaires et demandez une recherche documentaire.

À propos de l’auteur

DynaMed est un outil conçu à l’intention des cliniciens pour faciliter les soins efficaces fondés sur des données probantes. Des médecins et des spécialistes effectuent de rigoureuses revues quotidiennes de publications médicales pour vous proposer des analyses, des synthèses et des conseils objectifs en temps opportun. DynaMed fournit des renseignements sur les médicaments de Micromedex, des lignes directrices canadiennes et internationales et des illustrations médicales. Les membres de l’AMC ont accès à DynaMed, un outil clinique d’une valeur de 399 $ US par an compris dans leurs frais d’adhésion.