Représenter la maladie : des étudiants en médecine mettent au point un outil de suivi de la COVID-19 par tests de dépistage d’anticorps

Le programme de subventions à l’innovation de Joule offre du financement, du soutien professionnel et des services de mentorat aux médecins et aux apprenants en médecine qui contribuent à améliorer les soins de santé. Ceci est la première d’une série d’histoires sur les bénéficiaires de 2020 et leurs innovations.

Quand elle se rappelle le début de la pandémie, l’étudiante en médecine Tingting Yan a l’impression de revivre un sentiment d’impuissance.

« Nous étions assis passivement devant notre écran en train d’assister à des cours universitaires sur Zoom pendant que nos précepteurs, eux, étaient en train de lutter contre la COVID-19. »

Le Dr David Naylor, chercheur en médecine et ancien président de l’Université de Toronto, vient tout juste d’être nommé coprésident du Groupe de travail sur l’immunité face à la COVID-19 (GTIC), équipe formée récemment et dont le mandat est de suivre la propagation du virus. Désireux de contribuer aux efforts et voyant une occasion à saisir, Mme Yan et certains de ses pairs ont alors communiqué avec le Dr Naylor afin qu’il leur indique la voie à suivre. Il les a alors mis en relation avec le Dr Tim Evans, directeur administratif du GTIC. Peu après, l’idée de SeroTracker faisait son chemin.

« Nous avons compris que nous pouvions contribuer aux efforts et comprendre comment cette pandémie évoluait. » – Mme Tingting Yan, codirectrice de l’équipe de SeroTracker

Héberger les données sérologiques

Dans le cadre de son mandat, le GTIC visait à financer des études de séroprévalence afin de déterminer combien de personnes au Canada avaient des anticorps dirigés contre le SRAS-CoV-2, signe d’une infection antérieure. Mais pour que les résultats de ces études puissent être utiles aux responsables de la santé publique et aux autres professionnels de la santé, ils devaient être accessibles et consultables.

Épaulée par les membres du Groupe de travail, Mme Yan a tout de suite retroussé ses manches et a fait appel à un vaste réseau d’amis et de pairs, dont 22 étudiants aux compétences variées répartis sur huit fuseaux horaires : ingénieurs, scientifiques des données, statisticiens, experts en santé publique et étudiants en médecine, comme Niklas Bobrovitz, qui était lui aussi impatient de contribuer aux efforts de la santé publique dans le plan de relance de l’après-pandémie.

 « Notre problème était de savoir comment s’y prendre pour que cet important volume de données probantes parvienne chaque jour aux intervenants et comment arriver à les synthétiser pour qu’ils puissent les avoir en temps réel et ainsi prendre des décisions fondées sur des données probantes », explique-t-il.

Le résultat : SeroTracker.com, un tableau de bord sur mesure qui suit et synthétise les données provenant de centaines d’études sérologiques réalisées à travers le monde et qui permet aux utilisateurs de visualiser les tendances d’immunité sur une carte du monde et de filtrer les résultats par population, emplacement géographique et type de test.

Un portrait complet de la COVID-19

Si le test de dépistage de la COVID-19 au moyen d’un écouvillon permet de confirmer le nombre de personnes atteintes du virus, le test sérologique, lui, offre une image beaucoup plus complète du nombre de personnes y ayant été exposées.

 « Certaines des données que nous avons analysées montraient que, selon les tests sérologiques, il y avait 20 fois plus de personnes infectées qu’on le croyait au départ », souligne M. Bobrovitz. Cette affirmation fait référence aux données provenant de plusieurs pays, qui affichent des écarts importants entre le nombre de cas déclarés et la prévalence estimée de l’infection.

Au Canada, la proportion d’infections non détectées paraît nettement inférieure en raison d’une augmentation de l’efficacité des tests et des mesures de santé publique actuelles. Mais la sérologie vient démontrer que la propagation de la COVID-19 est beaucoup plus étendue que ne le démontre le nombre de cas confirmés pour l’ensemble de la population. 

Avec le soutien du GTIC, la Société canadienne du sang a testé près de 34 000 échantillons de sang provenant de donneurs pendant la deuxième vague de la pandémie, en octobre et en novembre 2020, dans le but de détecter la présence d’anticorps anti-SRAS-CoV-2. Les tests ont montré que dans l’ensemble, 1,5 % des Canadiens en santé avaient contracté le virus, soit le double du nombre de personnes qui avaient reçu un diagnostic positif à la suite d’un dépistage par écouvillonnage.

En novembre surtout, on a remarqué que :

  • la séroprévalence avait augmenté de façon spectaculaire au Manitoba (8,56 %) et en Saskatchewan (4,2 %);
  • les donneurs âgés de 17 à 24 ans affichaient le taux de prévalence le plus élevé (2,97 %);
  • chez les personnes canadiennes racisées, le taux de séroprévalence (2,08 %) était plus élevé que chez les donneurs qui s’étaient identifiés comme étant de race blanche (1,35 %).

Grâce à la collecte et à l’analyse de ce type de données sur l’immunité de la population, l’outil SeroTracker peut aider les responsables de la santé publique à mieux cibler leurs messages auprès de collectivités en particulier, à accroître l’accès aux tests diagnostiques dans certaines régions, à tracer l’immunité et à mettre en place un plan de distribution des vaccins.

Outre les agences de santé, le secteur privé, les organismes de recherche gouvernementaux et sans but lucratif utilisent aussi les tendances de SeroTracker pour calculer le taux de létalité de l’infection par rapport au taux de létalité des cas, mesurer l’incidence de la pandémie à l’échelle mondiale et évaluer la réponse des pays à la pandémie de COVID-19 au moyen d’une représentation graphique du début de la propagation de la maladie.

S’adapter à l’ère de la vaccination

En parallèle avec le déploiement des vaccins contre la COVID-19 un peu partout sur la planète, Mme Yan et son équipe comptent utiliser la subvention à l’innovation de Joule de 50 000 $ pour intégrer de nouvelles fonctions analytiques et adapter la plateforme de données SeroTracker. Avant l’arrivée des vaccins, un test sérologique positif signifiait que l’immunité de la personne était induite par une infection naturelle alors que maintenant, un résultat positif pourrait être dû à une infection ou à la vaccination. Dans cette optique, on modifie légèrement le tableau de bord pour recueillir des données sur le déploiement des vaccins et les intégrer aux données sérologiques tout en portant une attention particulière aux tests qui font la distinction entre les deux causes possibles de la présence d’anticorps, ce qui peut aider à évaluer jusque dans quelle mesure les programmes de vaccination ont engendré une réponse immunitaire dans une population donnée.

Grâce au financement de Joule, l’équipe pourra mettre au point des outils de traitement automatique des langues pour accélérer l’extraction et l’évaluation des données. Jusqu’à présent, l’équipe a numérisé plus de 20 000 résumés et recueilli des renseignements provenant de plus de 750 études, pour un total d’un demi-million de points de données, le tout manuellement.

« Nous devons veiller à maximiser la valeur de l’infrastructure de données et des sources d’information que nous avons mises au point, ajoute Mme Yan. Avec SeroTracker, notre objectif est d’arriver à juguler la pandémie rapidement et d’écourter les vagues subséquentes de la maladie. »

Le programme de subventions à l’innovation de Joule de 2020 a permis d’octroyer 500 000 $ en guise de soutien à l’innovation dirigée par des médecins, dans les domaines de la viabilité du système de santé, de la santé et du bien-être des médecins, des solutions en soins de santé et de l’accès aux soins.

Découvrez les autres innovations :

https://boldly.amc.ca/blogue/lancement-dune-unite-virtuelle-en-sante-mentale-en-reponse-a-la-covid-19

À propos de l’auteur

Personnel d' AMC Joule

AMC Joule soutient les médecins et les apprenants en médecine dans la poursuite de l’excellence clinique. En tant que filiale de l’Association médicale canadienne (AMC), AMC Joule appuie la profession en offrant des programmes de formation continue et d’autres possibilités d’apprentissage, de même que des outils de recherche et des produits cliniques de pointe fondés sur des données probantes.

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